У духовенства фамилии стали появляться лишь с середины XVIII века. Обычно они образовались от названий приходов и церквей (Благовещенский, Космодемьянский, Никольский, Покровский, Преображенский, Рождественский, Успенский, и т. п.). До этого иереев обычно именовали отец Александр, отец Василий, батюшка или поп Иван, при этом никакой фамилии не подразумевалось. Их дети, если возникала необходимость, часто получали фамилию Попов.
Некоторые священнослужители приобретали фамилии при выпуске из семинарии: Афинский, Духосошественский, Пальмин, Кипарисов, Реформатский, Павский, Голубинский, Ключевский, Тихомиров, Мягков, Липеровский (от греческого корня, означающего «печальный»), Гиляровский (от латинского корня, означавшего «веселый»). При этом лучшим ученикам давались фамилии наиболее благозвучные и несшие сугубо положительный смысл, на русском или латинском языке: Бриллиантов, Добромыслов, Бенеманский, Сперанский (русский аналог: Надеждин), Беневоленский (русский аналог: Добровольский), Добролюбов и пр.; наоборот, плохим ученикам придумывали неблагозвучные фамилии, например Гибралтарский, или же образованные от имен отрицательных библейских персонажей (Саулов, Фараонов).